En un dramático giro de los acontecimientos, después de la batalla en la que Naruto utilizó el poder del Modo Barión contra Isshiki Otsutsuki, Kurama, el poderoso zorro de nueve colas, logra revivir años después. Sin embargo, algo ha cambiado en él. Kurama se da cuenta de que ha cometido un error en el pasado al mentirle a Naruto sobre su posible resurrección.

Mientras tanto, en otra dimensión, Naruto se encuentra atrapado junto con Hinata y esta aislado por Kawaki, quien ha utilizado su poder para enviar al Séptimo Hokage a una dimensión donde no transcurre el tiempo. 

En este punto crítico, Kurama se encuentra con Boruto y Sasuke, y ellos están al tanto de todo lo que sucede en Konoha, en ausencia de Naruto, ni Sasuke y Boruto pueden regresar a Konoha. Kurama, sintiendo una responsabilidad abrumadora hacia Naruto y su familia, les revela la verdad sobre su mentira y el arrepentimiento que lo consume.

Determinados a rescatar a Naruto, Boruto, Kurama y Sasuke se embarcan en una peligrosa búsqueda para encontrar la manera de abrir una brecha dimensional y traer de vuelta a su amado Hokage. Durante su travesía, se enfrentan a desafíos y una alternativa es derrotar a Kawaki, pero su determinación y la conexión con el legado de Naruto les brindan la fuerza para seguir adelante.

Mientras tanto, en su confinamiento, Naruto experimenta un viaje espiritual en el que reflexiona sobre su vida y los lazos que ha forjado a lo largo de los años. Se da cuenta de la magnitud de la situación y la importancia de su regreso, no solo para proteger la aldea, sino también para reunirse con su amada familia.

Finalmente, Boruto, Kurama y Sasuke logran descubrir la puerta dimensional y rescatar a Naruto e Hinata, Sasuke tenía entendido que Jigen invocaba objetos de alguna dimensión y en ese mismo lugar estaba Naruto. El reencuentro es emotivo y lleno de alegría, pero también conlleva la comprensión de los desafíos que aún les esperan, Naruto abraza a Kurama.

Juntos, Naruto, Hinata, Kurama, Boruto y Sasuke unen sus fuerzas para enfrentar a Kawaki y desentrañar los secretos detrás de su poder y su motivación, pero Boruto dice que él solo se enfrentará contra su hermano, Kawaki sin saber que Boruto ya liberó a Naruto e Hinata, está esperando la llega de su hermano, Boruto le pide a Sasuke su capa, su katana, Kurama le entrega un poco de chakra a Boruto, mientras Sasuke cuida de Naruto e Hinata, Boruto se marcha no antes de observar la luna, Boruto ya dominaba el Jougan.

Boruto llega ante Kawaki, Kawaki le dice que lo enviará al mismo lugar que envió al séptimo Hokage que ha tomado otra decisión no acabará con Boruto, sino que Boruto permanecerá atrapado eternamente en otra dimensión, Boruto dice: a esto tenías que llegar Kawaki, Kawaki dice que la era de los shinobis termino y Boruto se coloca la bandana de Sasuke diciendo: yo también soy un shinobi. La batalla final es épica y desafiante, la determinación de proteger a su hogar, hace que Boruto logre derrotar a Kawaki, pero no acaba con él y es así como Boruto logra restablecer el equilibrio en el mundo, todo después de usar un poderoso rasengan incluido con el chakra de kurama.

En el clímax de la historia, Kurama, sintiéndose redimido por su revelación y el papel que desempeñó en el rescate de Naruto, el Jougan de Boruto revierte la omnipotencia de Ada, finalmente Boruto, Sasuke, Naruto y Kawaki pueden vivir en paz. Los shinobis habían sido evacuados y muy pocos murieron en el conflicto.